El fons de manuscrits de la Biblioteca Balear del Monestir de la Real va començar gràcies a la recol·lecció de manuscrits de diferents temàtiques que arribaren a les mans de Gaspar Munar i Oliver durant el segle XX. El volum d’aquest fons es va anar ampliant amb el pas dels anys mitjançant compres, donacions i intercanvis de llibres, i actualment consta d’uns 600 exemplars inventariats que s’estenen al llarg d’uns 37 metres lineals.

Es recolliren manuscrits de teologia, filosofia, dret i medicina procedents de l’antiga Universitat Mallorquina, així com llibres d’administració, cròniques i cronicons, testaments i inventaris antics, entre molts altres. Aquest fons està datat entre els segles XIV i XX, i uns dels manuscrits més destacats és el còdex català del Consolat de Mar, de 1385, cedit pel col·leccionista Antoni Mulet l’any 1961. En aquest còdex hi ha recopilat el dret marítim vigent en aquella època al mar Mediterrani i probablement l’utilitzaven els cònsols de la mar per poder resoldre les qüestions generades entre naviliers i comerciants.
Altres manuscrits que podem destacar són les Constitucions del Monestir de Santa Margalida, de 1572; l’original manuscrit de la Història de Mallorca, de Bonaventura Serra, de 1771; el manuscrit de 1571 sobre geografia antiga d’Enea Silvio Piccolomini, que després fou proclamat papa Pius II; les fonts manuscrites d’Alvaro Campaner que va utilitzar per escriure el seu Cronicón Mayoricense; i manuscrits de la família noble Desbrull i l’heràldica dels seus avantpassats.