El FDJA és integrat per una col·lecció documents diversos: apunts de recerca, materials de docència, poesia, traducció, documents administratius i papers personals procedents del despatx de Joan Alegret a la UIB, dels seu domicilis a Palma i a Barcelona i de la casa familiar a Canet de Mar.

La classificació tipològica dels documents del fons és la següent:

1. Docència
   1.1. Apunts manuscrits o mecanografiats per a la preparació de classe
   1.2. Materials de la universitat catalana d’estiu
   1.3. Altres materials de suport a la docència (guies docents, plans d’estudis, bibliografies d’assignatures, notes, etc.)
   1.4. Treballs «indultats» d’alumnes
   1.5. Materials de classe (fotocòpies, exàmens, etc.)
2. Recerca
   2.1. Esborranys, esquemes manuscrits o mecanografiats d’articles i altres treballs científics
   2.2. Treballs publicats en revistes i llibres
   2.3. Bibliografia usada per a la recerca (fotocòpies)
   2.4. Documents relatius a actes científics de recerca en què va participar (congressos, conferències...)
3. Creació literària i traducció
   3.1. Creació literària pròpia (sonets i altres formes poètiques)
   3.2. Creació literària pròpia (tanka)
   3.3. Traducció (sonets i altres formes poètiques)
   3.4. Traducció (tanka)
4. La literatura i els signes de zodíac
5. Documents administratius personals i vinculats a la UIB
6. Documents personals
   6.1. Cartes, fotografies
   6.2. Dietaris
   6.3. Apunts de conferències a les quals va assistir
   6.4. Retalls de premsa
7. Altres