La documentació continguda en el fons de la Pesta de 1820 es troba dividida en una sèrie de subfons organitzats de forma temática, els quals són: Correspondència (COR), Partes Sanitaris - Informes (PSI), Oficis Sanitaris i esborranys (OSE), Actes de les sessions de la Junta Superior de Sanitat durant els anys de la pesta (AJS) i Documents Diversos (DDV).
Cadascun dels subfons es troba dividit al seu torn en les respectives sèries i subsèries. Dins cadascuna de les sèries els documents s'ordenen per dates de creació quedant al final aquells dels quals no consta la data.